இந்த இயற்கையின் பிறப்பு குறைபாடுகள், கோளாறுகள் அல்லது குறைபாடுகள் ஆகியவை பிறவி முரண்பாடுகள். இந்த அசாதாரணங்கள் கட்டமைப்பு மற்றும் செயல்பாட்டு இரண்டாகவும் இருக்கலாம், கர்ப்பம் அல்லது பிரசவத்தின்போது ஏற்படும் வளர்சிதை மாற்றக் கோளாறுகள் போன்றவை.
இந்த வகையான நிகழ்வுகளுக்கு, 50% பிறவி முரண்பாடுகள் இருப்பதற்கான காரணத்திற்காக ஒரு குறிப்பிட்ட காரணத்தை ஒதுக்குவது கிட்டத்தட்ட சாத்தியமற்றது. இருப்பினும், அதன் சில காரணங்கள் அல்லது ஆபத்து காரணிகள் அடையாளம் காணப்பட்டுள்ளன, அவற்றில்:
சமூக பொருளாதார மற்றும் புள்ளிவிவர காரணிகள்: ஒரு குடும்பத்தின் குறைந்த வருமானம் ஒரு மறைமுக தீர்மானகரமாக இருக்கலாம் , குறைந்த வருமானம் கொண்ட குடும்பங்கள் மற்றும் நாடுகளில் பிறவி முரண்பாடுகள் அடிக்கடி நிகழ்கின்றன. இத்தகைய அசாதாரணங்களில் ஏறக்குறைய 94%, கடுமையானது, குறைந்த வருமானம் கொண்ட நாடுகளில் நிகழ்கிறது என்று மதிப்பிடப்பட்டுள்ளது, அங்கு பெண்கள் பெரும்பாலும் சத்தான உணவுக்கு போதுமான அணுகல் இல்லாததால் ஆரோக்கியமான கர்ப்பத்தை பெறலாம்.
மரபணு காரணிகள்: இந்த காரணியின் ஒரு முக்கிய காரணி இணக்கத்தன்மை ஆகும், ஏனெனில் இது அரிதான மரபணு பிறவி முரண்பாடுகளின் தங்குமிடத்தை அதிகரிக்கிறது மற்றும் பிறந்த குழந்தை மற்றும் குழந்தை இறப்பு அபாயத்தை இரட்டிப்பாக்குகிறது, அத்துடன் அறிவுசார் இயலாமை மற்றும் திருமணங்களிலிருந்து வெளிவரும் பிற பிறவி முரண்பாடுகள் முதல் உறவினர்களுக்கு இடையில். எடுத்துக்காட்டாக, அஷ்கெனாசி யூதர்கள் அல்லது ஃபின்ஸ் போன்ற இன வம்சாவளியைச் சேர்ந்த சில சமூகங்கள், அரிதான மரபணு பிறழ்வுகள் அதிகமாக இருப்பதால், அவை பிறவி முரண்பாடுகளின் அபாயத்தை அதிகப்படுத்துகின்றன.
நோய்த்தொற்றுகள்: சிபிலிஸ் மற்றும் ரூபெல்லா ஆகியவை தாய்வழி நோய்த்தொற்றுகள் ஆகும், அவை குறிப்பிடத்தக்க அசாதாரணங்களை ஏற்படுத்துகின்றன.
குழந்தை அறுவை சிகிச்சை மற்றும் தலசீமியா, அரிவாள் உயிரணு நோய் அல்லது பிறவி ஹைப்போ தைராய்டிசம் போன்ற செயல்பாட்டு பிரச்சினைகள் உள்ள குழந்தைகளுக்கு கட்டமைப்பு பிறவி அசாதாரணங்களுக்கு சிகிச்சையளிக்க முடியும்.